Nacque il 9 maggio 1921 figlia del sindaco di Forchtenberg am Kocher quarta di cinque figli. Nel 1930 la famiglia si trasferì a Ludwigsburg e due anni dopo a Ulm dove suo padre fondò una società di consulenza in materia fiscale. All’età di dodici anni dovette essere iscritta alla gioventù hitleriana.
Suo fratello Hans più grande di lei ebbe sin dall’inizio grande influenza sul suo carattere e sulle sue idee politiche. Nel 1937 l’arresto di Hans da parte dei nazisti la impressionò profondamente e rafforzò la sua avversione per il nazismo e il suo regime.
Dotata di talento artistico specie per la pittura, frequentò ambienti letterari e artistici animati da oppositori del regime.

Nella primavera del 1940 si maturò e trovò impiego come insegnante d’asilo presso il Fröbel Institute a Ulm-Söflingen. Questa scelta era stata dettata anche dalla speranza che questo lavoro le avrebbe evitato il periodo di servizio di lavoro obbligatorio cui tutti i giovani erano obbligati e che era condizione indispensabile per iscriversi all’Università. La scelta si rivelò un errore perché, in base alla sua esperienza con i bambini, venne costretta a servire come ausiliaria per sei mesi in un istituto statale di Blumberg.
Soltanto nel maggio 1942 poté finalmente iscriversi all’Università di Monaco. Suo fratello - che già a Monaco studiava medicina - la introdusse nel suo circolo di amici.
A Monaco Sophie incontrò artisti, scrittori e filosofi che ebbero influenza nella sua decisione di coltivare e sviluppare la sua fede. Una questione fondamentale per Sophie era capire quale dovesse essere il comportamento del cristiano in un regime dittatoriale.
Durante le vacanze estive del 1942 dovette prestare servizio di guerra (ossia lavoro coatto) in un impianto metallurgico di Ulm. Nel frattempo suo padre venne arrestato e condannato ad un breve periodo di detenzione per aver pubblicamente criticato la politica hitleriana.
Sempre nell’estate del 1942 Sophie divenne membro attivo della "Rosa Bianca" e come tale si occupò della preparazione dei volantini e della loro distribuzione.
Venne arrestata il 18 febbraio 1943 mentre distribuiva il sesto volantino all’Università di Monaco, Condannata a morte venne ghigliottinata insieme a suo fratello e a Christoph Probst.
Come ricorda Franz Joseph Müller «la Gestapo torturò Sophie Scholl per quattro giorni, dal 18 al 21 febbraio 1943. Sophie Scholl era la persona più forte all'interno del gruppo della Weisse Rose, la più determinata, la più sincera e la più attiva. […] Il cappellano del carcere che la vide poco prima dell'esecuzione testimonia che era senza paura, calma. L'uomo della Gestapo che conduceva l'interrogatorio le chiese alla fine: "Signorina Scholl, non si rammarica, non trova spaventoso e non si sente colpevole di aver diffuso questi scritti e aiutato la Resistenza, mentre i nostri soldati combattevano a Stalingrado? Non prova dispiacere per questo?", e lei rispose: "No, al contrario ! Credo di aver fatto la miglior cosa per il mio popolo e per tutti gli uomini. Non mi pento di nulla e mi assumo la pena!"»