Hans Frank - capo del Governatorato Generale - da tempo vedeva i progetti di Himmler, lo strapotere delle SS come minacce dirette alla sua autorità. L’intera “Operazione Zamosc” era passata sopra la sua autorità marginalizzandolo.
Di fronte all’evidente difficoltà incontrata a reprimere la resistenza partigiana Frank decise di riguadagnare le posizioni perdute. Obiettivo del suo attacco erano gli uomini di Himmler: Globocnik e Krüger. Il 25 gennaio 1943 Frank durante una riunione rimproverò aspramente Krüger di non averlo informato sulla operazione di colonizzazione di Zamosc e gli ordinò di preparargli un rapporto dettagliato.
L’ufficio di Frank, diretto dal suo assistente Zörner, preparò un lungo memoriale sull’operazione di colonizzazione intorno a Zamosc. Zörner definiva l’operazione come un totale fallimento che - oltretutto - aveva prodotto il risorgere di simpatie “bolsceviche” nella popolazione polacca.
Globocnik e Krüger reagirono duramente. Zörner venne rimosso dal suo incarico di governatore del distretto di Lublino nell’aprile 1943 e sostituito dal Brigadeführer delle SS Richard Wendler, legato a Himmler.
Privato del suo braccio destro Frank si rivolse direttamente ad Hitler affinché ordinasse la cessazione della “Operazione Zamosc”. Frank scriveva lamentandosi che le fucilazioni di massa e il panico causato dalle deportazioni non solo non ottenevano alcun risultato ma - anzi - rafforzavano ulteriormente gli “elementi bolscevichi”.
L’appello di Frank ad Hitler non rimase evidentemente inascoltato. La difficoltà nella quale i nazisti si trovavano di fronte alla resistenza armata polacca era d’altronde chiara. Il 28 maggio 1943, dopo una lunga primavera di continui scontri con i partigiani polacchi, Globocnik dovette dare l’ordine di interrompere l’operazione di colonizzazione. L’intero distretto di Lublino era paralizzato dalle operazioni partigiane e i villaggi nei quali erano stati insediati coloni tedeschi subivano attacchi pressoché quotidiani.

Il 31 maggio si svolse una riunione a Cracovia. Vi partecipava il capo dell’RSHA Ernst Kaltenbrunner, il capo delle SS Krüger, Globocnik e il governatore Frank. L’”Operazione Zamosc” venne momentaneamente sospesa. Occorreva ristabilire l’ordine prima di procedere alla colonizzazione. Segnale del miglioramento dei rapporti tra Himmler e Frank fu l’incontro che i due ebbero il 23 giugno 1943.
Successivamente Himmler nominò il generale Erich von dem Bach-Zalewski “plenipotenziario per la lotta contro le bande. L’arrivo di Bach-Zalewski coincise con l’allontanamento di Odilo Globocnik dal suo incarico.
Alla fine dei colloqui diretti ed indiretti tra Himmler e Frank i due trovarono un aggiustamento: Globocnik e Krüger (tanto odiati da Frank) vennero trasferiti ad altro incarico. Himmler abbandonò momentaneamente il progetto di germanizzazione dell’area di Lublino. In cambio Frank accettò di non interferire nelle operazioni delle SS contro i partigiani polacchi. Trovato un accomodamento con Frank, Himmler diede a Globocnik l’ultimo incarico in Polonia: spazzare via la resistenza e la popolazione polacca dall’area di Zamosc.